Raphael Zender studierte von 2001 bis 2007 Informationstechnik / Technische Informatik an der Universität Rostock. Als Teil des DFG-Graduiertenkollegs MuSAMA (Multimodal Smart Appliance Ensembles for Mobile Applications) promovierte er 2011 zum Thema „Service-basierte Infrastruktur für pervasive Lehr- und Lernarrangements“ ebenfalls an der Universität Rostock. Er wechselte im Anschluss an die Universität Potsdam, um dort bis September 2021 den Lehrstuhl für Komplexe Multimediale Anwendungssysteme mit aufzubauen und verschiedene Aufgaben im Bereich der Lehre und Forschung wahrzunehmen. Er leitete unter anderem die Virtual und Augmented Reality (VR/AR)-bezogenen Forschungsprojekte am Lehrstuhl. Seit Oktober ist er Professor für Didaktik der Informatik | Informatik und Gesellschaft an der Humboldt-Universität zu Berlin. Er ist zudem ist stellv. Sprecher der Fachgruppe Bildungstechnologien der Gesellschaft für Informatik (GI) sowie Initiator des GI-Arbeitskreises VR/AR-Learning.